应用领域
技术路线
分析内容
有参考基因组 | 无参考基因组 | 定制化信息分析 |
1. 基因组电子酶切评估(必须基于参考基因组); 1)电子酶切评估统计; 2)基因组染色体Tags统计; 3)酶切位点/RF片段的染色体分布; 2. 测序数据评估; 3. 原始数据过滤; 4. 比对数据统计; 5. Variant分析(SNP/InDel检测、注释与统计); 6. SSR多态性分析(类型统计、引物设计)。 |
1. 测序质量评估; 2. Stack 聚类统计; 3. 简化基因组组装; 4. Variant分析(SNP/InDel检测、注释与统计); 5. SSR多态性分析(类型统计、引物设计)。
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1.遗传图谱(有参考基因组):多态性标记筛选、遗传图谱构建、图谱质量评估、binmap分析、QTL定位分析(必须有表型数据);
2.遗传图谱分析(无参排图,用于参考基因组优化):多态性标记的开发与分型、遗传图谱构建、图谱质量评估、QTL定位分析(必须有表型数据);
3.全基因组关联分析(GWAS);
4.群体遗传分析:SNP标记筛选与过滤、群体结构分析、LD 衰减距离分析、选择清除分析、受选择区域分析。 |
水稻谷粒外观性状的遗传图谱QTL定位和垩白度相关差异表达基因的共定位研究
实验取材:
研究结果: