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已知RNA存在超过100种修饰，m6A甲基化是真核生物mRNA最普遍存在的修饰。m6A主要富集在mRNA的启动子区、终止密码子区附近。RNA甲基化免疫共沉淀（Methylated RNA Immunoprecipitation，MeRIP）基于m6A特异性抗体识别并结合mRNA上的m6A的原理，以RNA免疫共沉淀方法富集甲基化修饰片段为基础，并联合高通量测序，在全转录组范围内研究发生m6A甲基化修饰的RNA区域。

应用领域

1. 真核生物RNA甲基化分布；

2. 动植物mRNA甲基化与环境胁迫应答机制；

3. mRNA抗降解机制；

4. 肿瘤相关发生、增殖机制。

技术路线

分析内容

标准信息分析

（需提供参考基因序列、参考基因组序列及基因注释结果）

1 测序评估: 测序质量评估、碱基组成与质量分析、过滤信息统计

2 比对分析：比对基因组统计、Reads在染色体上的分布、插入片段大小分布

3 Peak分析：Peak calling、Peak长度分布、Peak深度分布、Peak富集倍数分布

4 Peak注释：Peak 相关基因分析、Peak在基因功能元件上的分布、Peak相关基因的GO/Pathway功能富集分析

5 motif 分析

6 多样品间的差异peak分析：样品相关性分析、差异peak统计、差异peak在基因功能元件上的分布、差异peak相关基因分析、差异peak相关基因GO/KEGG功能富集分析

样品要求/项目周期

请咨询当地销售或拨打电话：020-84889324（医学）、020-84889314（农学）了解详情。

参考文献

[1] Li X, Xiong X, Yi C, et al. Epitranscriptome sequencing technologies: decoding RNA modifications[J]. Nature Methods, 2017, 14(1): 23-31

[2] Zhang, C., Chen, Y., Sun, B. et al. m6A modulates haematopoietic stem and progenitor cell specification. Nature 549, 273–276 (2017).

[3] He, P.C., He, C. mRNA acetylation: a new addition to the epitranscriptome. Cell Res 29, 91–92 (2019).

[4] Luo GZ, MacQueen A, Zheng G, et al. Unique features of the m6A methylome in Arabidopsis thaliana. Nat Commun. 2014;5:5630. Published 2014 Nov 28. doi:10.1038/ncomms6630

Q1：m6A测序对于生物学重复有什么样的要求？

A：建议生物学重复大于3个。

Q2：单个样品的细胞数量比较少，达不到检测要求，该怎么处理？

A：可以考虑把相同处理的多个样品混合成一个生物学重复进行测序，同样建议生物学重复数大于3个。

Q3：感兴趣的基因上没有检测到m6A的peak信号，有哪些方案调整？

A：可以考虑适当调低差异倍数、调高p值两个指标重新分析。

m6A去甲基化酶ALBBH10B调控拟南芥成花转变

m6A是所有高等真核生物中最丰富的mRNA转录后修饰，在哺乳动物中，这种修饰是可逆的，并且在mRNA加工调节中起广泛作用，但是关于m6A甲基化在拟南芥，甚至是在植物中的作用和机制的研究仍然偏少。拟南芥中已鉴定了大量RNA甲基化酶，其中ALKBH10B是一种去甲基酶，氧化逆转mRNA中的m6A甲基化。

研究证实ALKBH10B行使去甲基化功能，突变alkbh10b延迟了开花并抑制了营养生长，且ALKBH10B介导的mRNA去甲基化是通过影响靶转录物的稳定性，进而影响花的转变。m6A-seq结果显示，alkbh10b突变引起拟南芥整体m6A修饰水平降低；相较于野生型拟南芥，突变体中共鉴定了1190个过甲基化修饰转录本，直接或间接受到了ALKBH10b的调控；m6A修饰主要位于TSS、TES、3’UTR及5’UTR附近；功能富集分析结果表明，过甲基化修饰转录本主要与器官组织发生、种子休眠后胚胎发育及生殖成熟等生物学过程相关。

图1 m6A peak富集区域分布

m6A去甲基化酶在急性髓性白血病中有致癌作用

图2 FTO询控靶基因m6A修饰水平

m6A在哺乳动物中具有功能重要性，但在癌症中的功能还知之甚少。FTO作为首个确定的m6A去甲基化酶，自发现以来一直是研究的热点。急性髓性白血病 (AM L )是最常见也是致命的造血系统恶性肿瘤之一，由千遗传和分子多样性，临床治疗存在明显地个体化差异。研究试图揭示FTO在AML中的发病机制和药物反应中的生物学功能，并通过鉴定FTO的关键rnRNA靶标来研究其潜在的分子机制。

研究表明，FTO在AML临床样本表达下调，能够促进细胞增殖，抑制体外凋亡；在小鼠模型中，过表达FTO会加速白血病病情恶化，降低小鼠存活时间。对过表达FTO细胞系和正常AM L细胞系进行m6A-seq和RNA-seq分析发现，FTO显著下调1116A修饰水平；结合差异倍数和基因功能，确定了两个靶基因ASB2和RARA , FTO通过去甲基化修饰调节靶基因表达水平。

参考文献

[1]Li Z, Weng H, Su R, et al. FTO plays an oncogenic role in acute myeloid leukemia as a N 6-methyladenosine RNA demethylase[J]. Cancer cell, 2017, 31(1): 127-141