GeoMx DSP空间靶向转录组区别于10x Visium“大而广”的策略，是一种聚焦于“微而精”的空间靶向研究技术，“微”体现在DSP基于多重免疫荧光结果靶向研究目标微小区域基因表达，“精”体现在DSP百万级微镜阵列可以将目标微小区域进一步精细划分，如将肿瘤免疫微环境分割成肿瘤区和免疫区，精准解析肿瘤微环境。DSP空间转录组为区域靶向性研究提供了现实方法，靶向研究目标区域，有效规避了全切片无差别检测所带来的数据挖掘的压力，极大提高了研究效率。

1. 空间异质性分析；

2. 肿瘤微环境研究；

3. 免疫系统反应研究；

4. 疾病病理进程研究；

5. 神经科学研究；

标准信息分析：

1. 测序数据统计与评估：各个样本测序数据基本质控（reads数、测序饱和度等）、背景质控、数据过滤、基因表达定量；

2. 组织切片全景图：图像结果，包含全切片图及各ROI/AOI精细图；

3. 全局表达图谱：基因表达热图、相关性分析；

4. 差异基因分析：切片内、切片间差异基因统计、功能富集分析；

5. 特征基因集分析：特征基因集表达分布热图、特征基因集差异分析

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参考文献

[1] Gokhan Demirkan, Tressa Hood, Jason Reeves and et al. Enabling pathway analysis of RNA expression in formalin-fixed paraffin embedded tissues with the GeoMx DSP Platform[J]. J Biomol Techz, 2020, 31(Suppl): S18.

[2] Zollinger D.R., Lingle S.E., Sorg K and et al. GeoMx™ RNA Assay: High Multiplex, Digital, Spatial Analysis of RNA in FFPE Tissue[J]. In Situ Hybridization Protocols. 2020, 2148: 331-345.

[3] Margaret Hoang, Zoey Zhou, Michelle Kriner and et al. Abstract 753: In situ RNA expression profiling of 1600+ immuno-oncology targets in FFPE tissue using NanoString GeoMx™Digital Spatial Profiler[J]. Cancer Research, 2019, 79(13): 753..

[4] Maria I. Toki, Christopher R. Merritt, Pok Fai Wong and et al. High-Plex Predictive Marker Discovery for Melanoma Immunotherapy–Treated Patients Using Digital Spatial Profiling[J]. Clinical Cancer Research, 2019: 5503-5512.

[5] Joshua James Rusbuldt, Tanesha Cash-Mason, Shaozhou Tian and et al. Abstract 753: Abstract 4691: Evaluation of the NanoString’s Digital Spatial Profiling (DSP) technology in formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) cell line mixtures, PBMCs and non-small cell lung cancer (NSCLC) tissues[J]. Cancer Research, 2019, 79(13): 4691.